Frá landnámsöld og fram yfir siðaskipti var Vatnsfjörður við Ísafjarðardjúp stórbýli og höfðingjasetur. Á söguöld bjuggu þar frægir höfðingjar og á Sturlungaöld var Vatnsfjörður valdamiðstöð Vatnsfirðinga, einnar voldugustu ættar landsins á þeirri tíð.
Á síðmiðöldum bjuggu þar ríkustu menn landsins.

Frá sumrinu 2003 hafa farið fram fornleifarannsóknir í Vatnsfirði, bæði uppgröftur og fornleifaskráning. Rannsóknirnar hafa leitt í ljós mannvistarleifar allt frá 10.öld til okkar daga á tveimur meginsvæðum í túninu. Skáli frá víkingatímanum hefur verið grafinn upp, auk smiðju og annarra smáhýsa. Á bæjarhólnum er hins vegar hafin rannsókn á yngstu minjum staðarins. Rannsóknir þessar gefa einstakt tækifæri til að sjá elstu og yngstu mannvistarleifar býlis, annars vegar frá 10.öld og hins vegar frá þeirri 20. Fornleifarnar gefa vísbendingu um líf fyrri tíma: húsakost, mataræði, búskaparlag og klæðnað.

Síðan árið 2005 hefur verið rekinn fornleifaskóli í Vatnsfirði og er hann starfræktur samhliða uppgreftri í júlímánuði.Í skólann koma nemendur að víðsvegar úr heiminum og læra uppgraftartækni undir leiðsögn íslenskra og erlendra sérfræðinga.